सिक्किम विश्वविद्यालय वर्तमान में सिक्किम की राजधानी गंगटोक में स्थित है। विश्वविद्यालय वर्तमान में राष्ट्रीय राजमार्ग - 10 के किनारे 17 किलोमीटर में फैले कई किराए के भवनों से संचालित हो रहा है। विश्वविद्यालय का मुख्य प्रशासनिक कार्यालय समदुर, 6वीं मील, ताडोंग में स्थित है। विश्वविद्यालय का स्थायी परिसर दक्षिण सिक्किम के यांगंग में स्थित है। निकटतम हवाई अड्डा बागडोगरा में है और निकटतम रेलवे स्टेशन न्यू जलपाईगुड़ी में है।